Zum Geschäftsbereich des BMJ gehören drei der insgesamt fünf obersten Gerichtshöfe des Bundes. Das Ministerium bereitet die Wahl der Richterinnen und Richter an den drei obersten Gerichtshöfen des Bundes im Zuständigkeitsbereich des Bundesministeriums der Justiz vor, also am Bundesgerichtshof, am Bundesverwaltungsgericht und am Bundesfinanzhof.

Über die Berufung zur Bundesrichterin oder zum Bundesrichter entscheidet der Minister gemeinsam mit einem Richterwahlausschuss, der aus den zuständigen Ministerinnen und Ministern der sechzehn Bundesländer und einer gleichen Anzahl von Mitgliedern besteht, die vom Bundestag gewählt werden (Artikel 95 Absatz 2 des Grundgesetzes).
Ferner wirkt das Ministerium auch im Vorfeld der Wahl der Richterinnen und Richter des Bundesverfassungsgerichts mit. Sie werden je zur Hälfte vom Bundestag und vom Bundesrat gewählt (Artikel 94 Absatz 1 des Grundgesetzes).

• der Bundesgerichtshof mit Sitz in Karlsruhe und zwei Senaten in Leipzig
• das Bundesverwaltungsgericht mit Sitz in Leipzig
• der Bundesfinanzhof mit Sitz in München

Zum Geschäftsbereich des BMJ gehören ferner:

• der Generalbundesanwalt mit Sitz in Karlsruhe und einer Dienststelle in Leipzig
• das Bundespatentgericht in München, das erstinstanzlich in Patent- und Markensachen entscheidet
• das Deutsche Patent- und Markenamt in München mit seiner Dienststelle Jena und dem Informations- und Dienstleistungszentrum in Berlin
• das Bundesamt für Justiz in Bonn